10 ноября 2004 года ГУБОП было преобразовано в Департамент по борьбе с организованной преступностью и терроризмом (ДБОПиТ) МВД России. В подчинении ДБОПиТ находились несколько оперативно-розыскных бюро, центр по борьбе с терроризмом (Центр "Т") и центр специального обеспечения (Центр "С"), а также отряд милиции специального назначения "Рысь".
Департамент по борьбе с организованной преступностью и терроризмом вплоть до своего расформирования обладал весьма широкими полномочиями. Помимо главной своей задачи - противостояния российским и международным преступным сообществам, этническим группировкам, лидерам преступных группировок («воровской отдел») и террористам, - ДБОПиТ, и в частности, 10-е оперативно-разыскное бюро (10 ОРБ), занимались борьбой с коррупцией и отмыванием денег.
Правовое положение управлений (отделов) по организованной преступности при МВД, УВД субъектов федерации существенно отличалось от правового положения региональных управлений - ОРБ федеральных округов. Управление (отдел) по организованной преступности являлось самостоятельным специализированным оперативно-розыскным подразделением криминальной милиции при министерстве, главном управлении, управлении внутренних дел субъекта Российской Федерации. В отличие от статуса региональных управлений, руководители которых были непосредственно подчинены начальнику ДБОПиТ МВД России, а УБОП подчинялось непосредственно министру, начальнику Главного управления, управления внутренних дел субъекта Российской Федерации и одновременно по вопросам борьбы с организованными преступными структурами и коррупционерами в органах государственной власти - соответствующим начальникам региональных управлений, а также ДБОПиТ.
В то же время назначались на должность и освобождались от должности руководители этих подразделений приказом министра, начальника ГУВД, УВД соответствующего субъекта Российской Федерации по согласованию с окружными главками и ДБОПиТ.
То есть, несмотря на то, что личный состав УБОПа находился на денежном и кадровом обеспечении в МВД субъекта федерации и административно подчинен им, руководители региональных управлений и центрального аппарата имели реальные властные рычаги влияния на их деятельность.
2003 - 2004
Овчинников Николай Александрович, генерал-полковник милиции.
Родился в 1949 г. в городе Свердловске. В 1971 году окончил Свердловский юридический институт им. Р. А. Руденко.
С 1975 года работал в УВД Свердловской области оперуполномоченным уголовного розыска, затем заместителем начальника уголовного розыска УВД Верхняя Пышма. С 1981 года работал в правоохранительных органах Екатеринбурга - заместителем начальника, начальником Октябрьского РОВД, начальником УВД города.
С декабря 1995 года по март 2000 года - начальник Управления внутренних дел города Екатеринбурга.
С 14 февраля 2003 года по 9 ноября 2004 года — начальник Главного управления по борьбе с организованной преступностью службы криминальной милиции (ГУБОП СКМ) Министерства внутренних дел Российской Федерации.
С 10 ноября 2004 года по 16 марта 2006 года — начальник Департамента по борьбе с организованной преступностью и терроризмом (ДБОПиТ) МВД РФ.
2006-2008
Мещеряков Сергей Григорьевич, генерал-полковник милиции.
Родился 13 июля 1959 в Липецкой области.
В 1981 окончил Липецкий политехнический институт по специальности «технология машиностроения, станки и инструменты». В 1994 окончил Российско-американский университет по специальности «коммерция». Доктор экономических наук (2006).
В органах внутренних дел с 1983.
С 1995 по 2000 — начальник налоговой полиции Липецкой области. С 2000 по июнь 2003 — начальник налоговой полиции Московской области.
С июня 2003 по февраль 2005 — начальник Главного управления по налоговым преступлениям МВД России, заместитель директора Федеральной службы по экономическим и налоговым преступлениям.
С 6 февраля 2005 по 14 ноября 2006 — начальник Департамента экономической безопасности МВД России.
Указом Президента Российской Федерации в 2007 присвоено специальное звание «генерал-полковник милиции».
С 14 ноября 2006 по ноябрь 2008 — начальник Департамента по борьбе с организованной преступностью и терроризмом МВД России. Тогда же в ноябре 2008 был расформирован и Департамент по борьбе с организованной преступностью и терроризмом. Функции упразднённого департамента по борьбе с организованными группами, совершающими убийства и разбой, были переданы в уголовный розыск, а Департаменту экономической безопасности перешли функции по борьбе с организованной преступностью в экономической сфере и борьбой с коррупцией.
После отставки из органов внутренних дел занялся предпринимательской деятельностью.
С 2008 по 2011 — вице-президент, член правления Всероссийского банка развития регионов, курировал вопросы организации экономической и внутренней безопасности. С 2011 по 2012 — глава департамента экономической безопасности нефтегазовой компании «Роснефть».